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Dentro del Laboratorio de Micología, se cuenta con una colección de referencia científica, y otra de referencia didáctica sobre Hongos Macroscópicos, las cuales reflejan la diversidad macrofúngica que existe en El Salvador. Estas colecciones han sido enriquecidas a través de diversas investigaciones realizadas, por medio de trabajos estudiantiles y Viajes de Campo realizados a diferentes áreas para tal fin. Encontrándose actualmente a cargo de la Docente e Investigadora: M.Sc. Rhina E. Esquivel.
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Los principales lugares de colecta de especimenes para la colección han sido: Montecristo, Cerro Verde, Parque Walter T. Deininger, Nancuchiname, La Montañona, Volcán de San Vicente, Volcán de San Salvador y Ciudad Universitaria. Actualmente, la colección cuenta con representantes de la mayoría de especies de macrohongos reportados para El Salvador, siendo una importante fuente de consulta sobre biodiversidad.
Es importante darle mantenimiento constante a la colección para fines didácticos en la labor educativa, de proyección social de la Escuela de Biología y por ende de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemática.